在《納米核心》的里世界中，各位主角配角以及龍套們，都要在“納米學院”中學習生活。大家在這個世界不那么認真地上課、考試、過著奇奇怪怪的校園日常，并不正經地保護著這個世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。